Bom dia a todos,
Algumas vezes (pelo menos comigo) acontece do Firefox em qualquer versão acima da 3.x de não abrir as janelas popup, não as de propagandas e banners, mas aquelas explicitamente chamadas por algum botão de um sistema ou site que dispara o a função window.open(). O que o Firefox faz é abrir essa popup como uma nova aba e não como janela, muitas vezes aconteceu comigo e mesmo reinstalando o navegador esse problema persistente devido aos registros do windows (no linux não sei de cabeça se acontece, mas acho que também acontece).
Solução
A solução que eu achei para resolver foi de mudar o valor de uma chave na página de configurações do Firefox, a página about:config. Lá eu alterei o valor da chave browser.link.open_newwindow.restriction que estava com o valor 2 e eu mudei ele para 0 (que é o seu valor padrão).
Assim o Firefox volta a abrir as popups normalmente. E para quem quiser ler mais sobre as chaves de configuração do Firefox:
http://kb.mozillazine.org/About:config_entries
Espero que ajude a quem estava se batendo com esse problema. Abraços e até a próxima.